A Secretaria de Gestão Estratégica e Participativa - SGEP foi criada em 2003 pelo Decreto nº 4.726, de 9 de junho daquele ano, e se chamava Secretaria de Gestão Participativa. Após reformulação, em 2007, passa a englobar ações de auditoria do SUS, bem como de monitoramento e avaliação da gestão do SUS, e tem como missão principal o fortalecimento da gestão e do controle social, objetivando o fortalecimento do Sistema Único de Saúde – SUS.

A SGEP é composta por quatro departamentos que se complementam e fazem dela os órgãos dos sentidos do povo no SUS. Cabe à SGEP reafirmar os princípios doutrinários e organizativos da Reforma Sanitária do Sistema Único de Saúde (universalidade, integralidade, equidade, participação da comunidade, descentralização, hierarquização, regionalização e comando único em cada esfera de governo), apoiar os mecanismos constituídos de participação popular e controle social, especialmente os Conselhos e as Conferências de Saúde, ouvindo, analisando e encaminhando as demandas provenientes dos usuários, além de auditar as contas do SUS e avaliar os resultados das políticas.