A Secretaria de Vigilância em Saúde (SVS) trabalha em ações de combate à dengue; à malária e outras doenças transmitidas por vetores; na prevenção e controle de doenças imunopreveníveis, como o sarampo, gripe e rotavírus; no controle de zoonoses e na vigilância de doenças emergentes, no combate à tuberculose, hanseníase, hepatites virais, DST e Aids. Além disso, a SVS coordena o Programa Nacional de Imunizações (PNI) e ações de Vigilância Ambiental e  Vigilância de Agravos de Doenças não Transmissíveis e seus fatores de risco.

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