O decreto reconhece a existência das Comissões Intergestores Tripartite, no âmbito nacional, Bipartite, no âmbito estadual, e Regional, no âmbito das regiões de saúde, como instâncias de decisão do SUS. Desta forma, reconhece que o processo de diálogos entre os entes federados, em fóruns de abrangência nacional, estadual e regional, é de fundamental importância para a sustentabilidade e governabilidade da construção consensual das regras de gestão compartilhada.
O Colegiado de Gestão Regional (CGR), que passará a ser denominado de Comissão Intergestores Regional (CIR), terá um importante papel no espaço de discussão e tomada de decisão regional.