O Ministério da Saúde informa que, no âmbito da Política Nacional de Assistência Farmacêutica, o Programa Farmácia Popular é uma das estratégias de ampliação de acesso a medicamentos e não visa, de forma alguma, a substituir a distribuição gratuita de medicamentos na rede pública de saúde.

O fato dos medicamentos anti-hipertensivos, antidiabéticos e antiasmáticos estarem disponíveis gratuitamente na rede de farmácia do Programa Farmácia Popular (rede privada credenciada e rede própria) não isenta a responsabilidade dos gestores estaduais e municipais de continuarem fornecendo esses medicamentos nas farmácias da rede básica de saúde, conforme normas da Portaria GM/MS nº 4.217/2010.
 
Os medicamentos disponibilizados pela Assistência Farmacêutica Básica, por meio dos postos de saúde, dentre os quais estão antibióticos, analgésicos, anti-inflamatórios, anti-hipertensivos, antidiabéticos, entre outros, são custeados com recursos da União (R$ 5,10/habitante/ano), dos Estados e Municípios (R$ 1,86/habitante/ano respectivamente) e destinam-se a atender os agravos prevalentes e prioritários da Atenção Primária à Saúde.